Unabhängig von der Wahl der Pflanze gilt, dass diese Zuchtform sehr viel Zeit und Pflege in Anspruch nimmt. Dabei gibt es sehr unterschiedliche Philosophien: Während es sehr verbreitet ist, bereits groß gewachsene Pflanzen auszugraben und behutsam zurückzuschneiden, ist die Anzucht von Bonsai aus Samen nicht allzu häufig, da sie der eigentlichen Pflege noch 1-3 Jahre Wachstumsphase vorlagert. Allerdings kann so bereits bei der Auswahl der Stecklinge Einfluss auf das Aussehen genommen werden - ein von Anfang an begleiteter Baum oder Strauch bietet die größtmögliche gestalterische Freiheit.
Zudem hat man so die Möglichkeit, sehr selten als Pre-Bonsai oder fertig gezogen erhältliche Arten oder exotische Pflanzen als Indoor-Bonsai zu ziehen und kann so zwei ganz besondere gärtnerische Leidenschaften verbinden.